另一方面，因为太平天国起义时自带神权色彩，但当局势稍微稳定一点时，神权和王权也就发生了冲突，其领导层内部也围绕最高权力展开斗争，并不断地发生火并，兄弟阋墙、同室操戈，最终导致"天京事变"的发生，大量的太平军将士在内讧中丧生，太平天国从此开始走向衰败。
引起太平天国内讧的主要原因是什么？
“东王自己威风张扬，不知自忌，一朝之大，是首一人。韦昌辉与石达开、秦日纲是大齐一心，在家计议起首共事之人，后东王威逼太过，此叁人积怒于心，口顺而心不息。少怒积多，聚成患害，积怒仇深……北、翼二人同心，一怒于东，后被北王将东王杀害。”这是忠王李秀成在被俘后所写的自述中对天京事变起因的描述，揭露出内讧的主要原因是由于杨秀清威风张扬，不知自忌，对首义诸王威逼太过，致使积怒成仇，从而心生杀机。
授予权柄过重 埋下内讧祸根但细究起来，杨秀清之所以嚣张跋扈的原因，实际上早在金田起义之前就已经埋下隐患。1847年底，紫荆山石人村士绅王作新率领团练，捣毁了拜上帝教总坛，抓捕冯云山、卢六等骨干成员送入桂平县大牢，洪秀全仓皇逃回广东老家，拜上帝教面临土崩瓦解的险境。危急关头，原本只是普通教众的杨秀清利用“神仙附体”的巫术，假扮“天父临凡”，号召教众们团结一致，排除万难，共克时艰，使濒临解散的拜上帝教度过了最危险的时刻。
第二年，洪秀全、冯云山回到紫荆山，见杨秀清把教中事务处理妥当，便默认了他拥有代“天父”传言的特权，从而种下日后内讧的祸根。杨秀清凭借这一特权，在拜上帝教拥有了至高无上的绝对权力。同时又凭借卓越的军事才能，被洪秀全授以“左辅正军师”“东王九千岁”“节制诸王”等等大权。由于太平天国实行的是军师负责制，天王是国家元首，只临朝不理政，由军师处理所有军政要务，并向天王请旨颁行，杨秀清因此掌握了太平天国的实际统治权。
居功难免自傲 从而引发内讧1853年3月，太平天国攻占南京并定都于此，标志着正式与清朝分庭抗礼，成为地方割据政权。杨秀清作为实现这一宏图伟业的最大功臣，在天国内部赢得了极高的威望，可谓功高震主。但杨秀清并没有意识到这个问题，不仅没有收敛锋芒，韬光养晦，反而居功自傲，目空一切，在对待首义诸王时也毫不手软，铁面无情，导致双方矛盾日益加深，最终酿成内讧的惨剧。
例如，韦昌辉的哥哥因与东王娘兄争夺房产，杨秀清把他交给北王议罪，迫于东王权势的韦昌辉忍痛以五马分尸处死其兄，并声称不如此，不足以儆示众人。部将张子朋殴打水营士兵，酿成兵变，杨秀清以“勒部不严，激起兵变”杖责韦昌辉数百，这些都成为双方矛盾激化的“助燃剂”。更为严重的是，杨秀清竟然用“天父临凡”的特权干涉起了天王的家务事，由于洪秀全虐待妻妾，致使一位怀有身孕的小妾流产，杨秀清借用“天父”的名义斥责洪秀全，要求杖责四十大板，最终在韦昌辉、石达开等人的极力求情下才幸免受辱。
杨秀清骄横跋扈，目中无人，使得一向屈服在他淫威之下的韦昌辉、石达开、秦日纲等人团结一致，同仇敌忾，结成“诛杨同盟”。1856年，随着取得大破江南大营的空前胜利，杨秀清逼迫洪秀全封他和世子为万岁，韦昌辉趁机向洪秀全建言诛杨，未获允准。同年7月，佐天侯陈承瑢向洪秀全密告，说杨秀清要杀他篡位，这才下定决心，派人送密诏给韦昌辉、石达开、秦日纲，令他们领兵诛杨，从而引发了天京事变。
变乱发人深省 防患始于未然天京事变又称天京变乱，是太平天国由盛而衰的转折点。据统计，在天京事变中被屠杀者超过两万人，杨秀清的家眷亲属、部将护卫被尽数斩杀，石达开的家眷护卫在变乱中丧生，还有韦昌辉、秦日纳、陈承瑢等也在事变中被杀。自此，太平天国人才凋敝，士气低落，百姓们纷传“天父杀东王，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰”的民谣。
自古以来，为了争夺至高无上的权力而引发的变乱不绝于史，但为何太平天国却因为一场变乱而由盛转衰，大肆屠戮两万人呢？远的不说，就说几年之后的1861年，慈禧太后联合恭亲王奕訢发动辛酉政变，从顾命八大臣手中夺取了朝政大权，也只不过处死了肃顺、端华和载垣三人便宣告结束。这其实和洪秀全的个人能力有着极大的关系，原本石达开和韦昌辉只打算诛杀杨秀清本人和他叁位兄弟。
