初七，宁夏土军马景杀害参将许汝继，巡抚都御史晋应槐领兵对其讨伐并诛杀了他。十三日，由于久旱不雨，命令百官修身反省。五月初三，或多或少地免除了先师孔子和宋儒朱熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子..、已故大学士杨荣等人后裔的赋税徭役。二十三日，赈济京畿饥荒。六月初一，有日食。十六日，赈济太原、平阳、潞安饥荒。
十九日，前礼部尚书潘晟兼任武英殿大学士，吏部侍郎余有丁担任礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机要事务。不久，潘晟又被罢免。二十日，张居正死去。 秋七月十五日，赈济平、庆、延、临、巩饥荒。九月初一，朱翊钧因得皇长子而颁诏大赦天下。初九，上两宫皇太后徽号。 冬十月十二日，苏、松发大水，朝廷采取了免赋和赈济的措施。
十二月八日，太监冯保被贬为奉御，全家削去官籍。十八日，恢复建言诸臣职务。当年，又免除京畿内、山西受灾害之地的税粮。哈密、乌斯藏曾来京朝贡。 万历十一年(1583)春正月初八，命令严加防范边疆。闰二月十一日，俺答之子乞庆哈世袭顺义王封号。缅甸侵犯永昌。十二日，朱翊钧到天寿山进谒九陵，免除路过之地的田租。
十七日，又到西山进谒恭让章皇后、景皇帝之陵。十八日回宫。乙酉日，赈济临、巩、平、延、庆五府旱灾，免除其田租。三月初二追削张居正的官级。十八日，赐予朱国祚等人为进士及第和其他不同的出身。 夏四月初六，张四维因父丧离职。初八，吏部侍郎许国担任礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。二十三日，承天普降大雨，长江水势泛滥。
同月，广东罗定发生兵变。五月，大清太祖高皇帝起兵征伐尼堪外兰，攻克图伦城。六月十五日，赈济承天、汉阳、郧阳、襄阳灾害。 秋八月初七，免除山西受灾地区的税粮。九月初六日，朱翊钧到天寿山拜谒祖陵，十一日回宫。 冬十月十五日，中止行刑。二十三日，河南发生水灾，分别予以免租和赈济。十一月初一，有日食。十二月二十二日，慈庆宫受灾，诏谕修身反省。
当年，有琉球前来朝贡。 万历十二年(1584)春二月二十日，京师地震。二十二日，释放建文诸臣外亲遭贬及戍边者的后裔。三月二十二日，减少江西瓷器的烧造。 夏四月初九，查抄张居正家。十一日，游击将军刘纟廷讨伐平定陇川贼寇。五月十九日，京师地震。六月初六，以云南用兵为由，免去税粮及拖欠赋役。 秋八月十三日，将张居正之罪张榜公布于天下，并将其家属戍边。
九月十三日，事奉两宫皇太后到天寿山拜谒皇陵。十六日，建造寿宫。二十一日，返回宫中。 冬十月十五日，中止行刑。二十四日，免除湖广、山东受灾地方的税粮。十一月十六日，余有丁死去。十二月初二，前礼部侍郎王锡爵担任礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，参与机要事务。二十二日，停止开采银矿。这一年有安南、乌斯藏入朝进贡。
万历十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月初六日，南京发生地震。京师自去年八月以来没有降雨。三十日，举行盛大祈雨祭祀。三月十三日，再次隆重举行祈雨祭祀。十八日，李成梁出塞袭击把兔儿炒花，取得大胜。二十一日，减少杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。 夏四月初五，举行盛大祈雨祭祀。
初七，由于久旱不雨，朱翊钧诏令各地审理、平反冤案，释放凤阳轻犯以及监禁长时间的罪犯。十七日，又步行至南郊祈祷，对大学士们说：“天大旱，是因为朕不德，也是因为各地有司贪婪，盘剥百姓，致使天怒，今后必须慎选官吏。”免除天下受灾地区一年田租。五月十六日，下雨。六月初二，慈宁宫建成。初三，建武所叛军被平定。同月，四川松、茂番人作乱。
秋八月十一日，京师地震。闰九月初一，赈济淮、凤灾害。初五，朱翊钧到天寿山观看寿宫。初十回宫。二十二日中止行刑。 冬十二月初一，淘汰惜薪司内官冗员。当月，顺义王乞庆哈死去。这一年有土鲁番、乌斯藏前来朝贡。 万历十四年(1586)春二月十八日，严禁外官馈送礼物。三月初三，由于久旱，要廷臣疏陈时政。
初八，禁止部曹言事，放弃整治京畿水田。十八日，赐予唐文献等人为进士及第以及其他不同的出身。二十三日，仍然久旱不雨，朱翊钧又命天下修身反省。 夏四月初九，京师地震。六月二十日，松茂番被平定。这年夏天，赈济直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥荒。山西始闹盗贼。 秋七月初十，赈济江西灾害。
