中央司法机构设立大宗正府、刑部、宣政院。大宗正府是类似于大理寺的中央审判机关，刑部的复核职能不变，但同时又赋予部分审判职能。宣政院主要管理僧侣的案件。御史台的职能也不变。地方有省、路、府、州、县各级衙门，作为地方司法机构。九、明朝明朝将元朝废除的大理寺重新设置起来，但是其职责改为法律复核机关。刑部作为中央审判机关。
刑部的所有案件都必须由大理寺复核，可见刑部与大理寺的职能，正好与唐宋时期的相反。御史台改为都察院，其职责不变，仍是监察百官，参与审理大案，平反冤案。地方司法机构有省、府、县三级，主管所辖案件。十、清朝司法机构维持明朝的三个司法机构的设置，职责也差不多，但是刑部的审判权力更大，在三大司法机关中，以刑部为首，刑部不受大理寺和都察院的制约。
清朝时另设专门司法机关理藩院，处理少数民族事务。对于皇族内部的案件由宗人府和内务府中的慎刑司处理。地方司法机构设有省、府、县三级司法机构。通过以上的分析，可见在中国古代的司法机构，是中央专设司法机构，地方则是司法与行政合一的体制。因而从总体上可以说是司法与行政不分，即使是在中央专门设立了专职的司法机构，同样也是从属于行政，专职的司法机构不可能独立行使司法权，因为司法官员的任免都由皇上决定，而皇上是一个集立法、司法、行政权为一身的独特的个体，这就决定了在中国古代的司法机构是不可能独立的，同样司法权的行使也是不可能独立的。
东汉末年，董卓为相国，居三公之上。建安十三年 (208),曹操罢去三公而又置丞相、御史大夫，操自为丞相。两汉时实行了两百年之久的三公制，至此遂告终止。曹魏重新恢复三公之制。在魏晋南北朝时期，三公依然位居极品，且开府置僚佐。但实权则进一步向尚书 机构转移。至隋,三公不再开府,僚佐全部撤销，完全变成虚衔或“优崇之位”。
宋代以后，往往亦称太师、太傅、太保为三公，但其虚衔性质不变，并渐次演化成加官、赠官。明、清同。魏晋以后，九卿多同东汉之制，仅廷尉有时改称大理；北魏改少府为太府。故隋唐九卿为太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府，已无行政之权。南宋、金、元，九卿多有省并(见卿监)。明、清遂改以吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书，都御史，大理寺卿，通政司使为九卿,以前的九卿之官或有保留,但已成虚衔或加官、赠官。
太守相当于当今的什么官职？为什么？
“太守”是封建王朝郡县制下一郡的最高行政长官，汉景帝之前叫“郡守”，汉景帝之后改称“太守”，但是随着历史的发展，古代封建王朝的行政区域划分也一直有所改变，所以“郡守（太守）在不同时期对应今天的官职也有所不同，下面简单说明一下：郡县制起源于春秋时期，而且那时候“郡”是比“县”还要低的行政单位，由于中国还未一统，且“郡县制”也还未成形，所以这里就不予讨论。
到了战国时代，各国开始逐渐形成“郡县”两级管理体系。秦国统一后，废除分封，在全国设置36郡，郡下设县，县下设有乡，里，亭三级。所以此时的郡守相当于今天的省长，值得一提的是，根据秦朝律法规定，“里”才是秦国最基层的行政单位，而“亭”只是治安机构，所以“里”相当于今天的乡镇一级。西汉建立后，西汉王朝延续了“郡县制”并在此基础上增加了“分封制”，所以西汉就出现了“郡国并行制”，不过王国与郡守的地位相差无几，汉景帝时期，改“郡守”为“太守”，此时的太守依旧相当于今天的省长。
到了汉武帝时期，他将全国分为十三州部，每州设一刺史，用以监察所在州部的“郡国”，类似于监察御史，到了王莽时期，他将州刺史改为“州牧”，将十三州改为九州，并大大提高州牧的职权，使之成为地方行政长官。所以此时的“州牧”在职权上已经取代“太守”成为类似于今天的省长级别，但由于新朝存在时间很短，所以新朝灭亡后，“州牧”一职随即被取消。
东汉建立后，基本延续了西汉的行政划分，直到东汉灵帝时期，为了镇压黄巾起义，朝廷再次设立“州牧”，使之位居“太守”之上成为一州最高行政长官，所以此时的“州，郡，县”三级就类似于今天的“省，市，县”三级，因而此时的“太守”相当于今天的地级市市长级别了。后来在南北朝时期，“州郡县”三级制度逐渐混乱，天下州郡县越来越多，甚至有的州已经没有可管辖的郡，所以隋朝建立后，隋文帝杨坚罢天下诸郡，设立“州县”制，一州长官为刺史，后来隋炀帝又改“州”为“郡”，改刺史为“太守”，到了唐朝，又有几次“州”“郡”之间的变换，最终在唐肃宗时期确定为“州县”制，“太守”从此不再是正式的官名，但成为了“一州最高长官”的别称，例如“刺史”，“知府”。
