两个小政权一并被灭。鲁王朱以海被迫逃到海上。隆武帝则被郑芝龙绑了，送给清朝，沦为阶下囚。后与弘光帝和潞王朱常淓一起被清军斩杀。在隆武政权、鲁王政权陆续被歼灭后，剩余的南明宗室和大臣继续逃亡至广东，拥立桂王朱由榔于广东肇庆继位，组建朝廷。这便是南明的第三个小朝廷——永历政权。按理说，都惨成这幅模样了。总该可以消停了吧？应该要认真对付外患了吧？然而，还是没有。
就在永历帝继位不久后，另一帮南明大臣在广州拥立隆武帝的弟弟朱聿鐭监国。这一派人不承认永历政权，同时永历政权的人也不承认朱聿鐭的监国身份。两边都视对方为伪政权。广州距离肇庆很近，也就一百公里的路程。两个小朝廷都说自己是正统，且都不承认对方的合法性。接下来发生的事情，也就不用说太多了——内战。1646年底，见南明又在火并，还打得不亦乐乎。
清军再一次出兵清场。在清军的这波攻势下，绍武帝兵败自杀。永历政权则遭重创，被清军驱赶到了广西。形势发展到这里，南明控制的武装，基本是十不存一。也就万余人了。可以说，再不与农民军联手，怕是连大西南的土著部落都能把所谓的南明朝廷给灭了。于是，在认清了形势后，永历政权终于承认了大顺军、大西军是可以合作的盟友，并与之合作。
获得了近20万人的生力军。但是，当永历政权和大顺军合作，并取得了一些战果，如收复湖南、广东后。南明内讧的传统艺能又开始了。而内讧的结果，就是收复不久的地盘，再次沦陷。并且大顺军还自成一系，独立在三峡地区抗清，号称夔东十三家，只在名义上接受永历帝册封。不再直接听命于永历朝廷的指挥了。可以说，永历帝在做了四年皇帝后，被一帮作死的大臣作成了光杆司令。
1650年前后，见永历政权摇摇欲坠，盘踞在滇黔地区的大西军主动提出合作意向。对于要不要与永历帝合作，大西军内部其实有两种声音。一是主张把永历帝骗来，然后杀了。免得日后麻烦。二是主张迎奉永历帝，联明抗清。必要时候可以软禁，挟天子以令诸侯。在是否尊敬永历帝的问题上，孙可望和李定国有分歧。孙可望很想挟持永历帝。
但由于无论是否尊重，都得先迎奉永历帝到贵州。且永历帝此时也没有拒绝大西军的资本了。于是，大西军余部与永历政权也就展开了合作。前面说了，永历帝与大西军合作前，已经是光杆司令了。他与大西军，名义上合作，实际上是寻求庇护。所以合作不久后，孙可望就派人请封，要求永历帝正式封他为秦王。孙可望的这个请封，其实很合理。
因为在与永历帝合作前，孙可望与李定国，就已经自立为王了。大西军平时都是以“国主”称呼孙可望。合作前是“一国之主”，合作后，如果连王爷都不是。孙可望还怎么带兵？大西军的将士会怎么想？然而永历帝身边的人大臣在一番讨论后，认为明朝没有封异姓为亲王的先例，竟然直接拒绝孙可望的请求，只同意封孙可望为景国公。这简直是作大死！从这件小事上就不难看出，南明灭亡，真不是清军有多能打。
而是南明内部实在是太过于腐朽了，完全不懂变通。大明养士276年，只是养出了一群废材。相比之下，多尔衮在八字还没一撇的情况下就敢连封几十个侯爵、公爵，一个王爵，借此收买人心。这才是干大事的人！后来，经过一番折腾（孙可望派人杀了三十几个反对他封王的大臣），孙可望被永历帝正式封为秦王。借着封王的春风，孙可望提出了一个三路北伐中原的方案，并派人联络郑成功和夔东十三家的领袖李来亨，共同北伐。
1652年，在准备工作完成后，大西军的北伐正式开始。李定国率部，两蹶名王，接连收复几十个州县，天下震动。这是继1648年后，南明抗清的又一个巅峰。但在李定国节节胜利的同时，孙可望却感到不高兴了。他对李定国很是嫉妒。屡屡设计坑李定国。这一来二去的，两人关系破裂。后来，李定国兵出广东，两次失利。孙可望经营湖南，被清军击败。
外战不利，内部又有矛盾。接下来，就是熟悉的剧情了——内战。1657年，孙可望亲率十万大军向李定国发动进攻。李定国当时仅三万人，双方力量对比十分悬殊。但孙可望的前锋大将白文选不愿内战，弃军投奔了李定国。于是孙可望惨遭大败，仅率50余骑逃走。之后，无处可去的孙可望投降清军，成为一个光荣而且高效的带路党，并将西南的底细和盘托出，告诉了清军。
