然而萧远山随之而来，与之交手之时，竟发现这萧远山的武功套路跟自己一样，皆出自少林，反而让玄慈更加相信慕容博所言非虚。认定这辽人（萧远山）先前就已经偷学过少林武功，此次率兵而来就是为了上少林抢夺经籍。因而更加痛下杀手，极力与萧远山一战。奈何此时的玄慈虽与萧远山师出同门，身上武功皆由灵门大师一手所传，然而萧远山眼看妻儿被杀，由怒生恨，又由恨入魔，已变成杀人恶魔，血眼之中只见仇恨，而玄慈眼看众人中已被这发疯的辽人残杀了十七人，智光被连马拍飞高挂在树上，赵钱孙也应是不能幸免，恐惧之心由生，气势当下就弱了一半，因而哪里还能是萧远山的对手。
而汪剑通这边，情况也如斯相同，均被吓破了胆，不要说这两位参与战斗的高手，即使是躲在远处山岩后关注着这场血战的幕后黑手慕容博，也被吓得是魂飞魄散，六神无主，僵呆在地一夜不能动。而萧远山却在与玄慈交手之时，看出了他的武功套路跟自己一样出自少林，猛地想起他的师父灵门大师来。想起了师傅对自己的敦敦教导，也想起了师傅曾让自己所立的不与汉人为敌的重誓，当下清醒过来，以两脚鸳鸯环踢，踢中了玄慈与汪剑通的穴道，饶了他们一命，玄慈因而获的生还之机。
萧远山曾质问玄慈，为何杀他妻儿，但玄慈因被点穴，不能言语，看见萧远山突然抽出匕首，玄慈自以为在劫难逃，却又看到萧远山转身在一处石壁上用匕首边喊边刻，刻完之后竟抱着他那妻儿尸身，跳下悬崖去了。一会又听得一阵婴儿哭声从崖下而起，汪剑通身上就落下了一个婴儿，这让他更加感叹这辽人武功之高，自己此次生还真是命大。
此后玄慈跟汪剑通以及智光，将石壁上的萧远山绝笔拓印，找懂契丹文字之人询问究竟，发现自己轻信人言，铸成大错，后悔不已，于是将辽人孩子（乔峰）带回中原，交与少室山下一对乔氏夫妇领养。誓将这孩子培养一位英雄人物，以罪前愆，到这孩子七岁时，又交代师弟玄苦暗中叫他武功，传他少林内功心法，至乔峰少年十六岁时，又与汪剑通商议，让其收他为徒，传他丐帮传世武学“降龙二十八掌”，后来又暗中帮助乔峰多立功勋，成功接任丐帮帮主，其中就包括了为试探乔峰心性及道义的三大难题七大功劳。
乔峰也确实不负期望，成了一位盖世英雄，当然其时乔峰并不知晓，但玄慈之功，却也不该泯灭，不过这也是后话了。玄慈自雁门归来之后，就派遣人员前往姑苏燕子坞，请慕容博上少林就报信之事作解，但却被慕容博事先所料，被其家人搪推而过。此后十几二十年间，又多次派遣少林僧人前往，当均被以故推脱。最后一次，派遣师弟玄悲前往，玄悲在燕子坞发现慕容博谋反意图，慕容博因之诈死，以至于后来玄悲又被慕容博所杀。
而玄慈看慕容博已故，为了保存故人声誉，于是将“雁门惨案”罪责归咎于己，就更加勤顾那辽人之子乔峰了。治病救人，徒生情孽自从将那辽人小孩交与乔氏夫妇抚养之后，玄慈隔三差五就下山看望，或送钱粮或送衣被，关怀备至，几经寒暑，到那小孩五岁左右，依旧频繁看顾。在一次送粮之后回寺的途中，他遇到了一位哭泣的女子。一经询问，才知这女子家中父亲犯病，无钱请大夫看病抓药，在集市中求了几家药堂，均被拒于门外，眼看父亲生命将危，却毫无办法。
玄慈慈悲为怀，当下就叫这女子带他去她家中，答应帮他父亲治病。这女子就是后来的天下第二恶人叶二娘，也是虚竹生母。玄慈救她父亲之后，又给她钱粮，助她生活度日，她深感玄慈救她一家于为难，既感激，又仰慕，但贫家女子无以为报，便以身子相许。而玄慈此时虽在佛门多年，但也是血气方刚，面对叶二娘此举，终于也是动了尘心。
两人于紫云洞中相会，不久，叶二娘便怀有身孕，怀胎十月，玄慈又叫来乔峰养母乔婆为她接生。然而这一切却都没逃过一人之眼，这个人就是萧远山。萧远山当日跳崖之后，幸得生还，自认为天不亡他，就是要让他报仇雪恨。于是潜入少林，既然南朝武人污蔑他想偷取少林武学，他就索性将他藏经阁中的经籍一一偷阅，以泄此恨。他在少林寺旁隐伏多年，每晚入寺，什么事能没能逃得过他的双眼。
本来他早想取了玄慈性命，但看他这数年对他孩儿（乔峰）关怀备至，为了让他儿子能够无忧长大，暂缓了杀玄慈的想法，再加上此时的玄慈武功精进，那丐帮帮主汪剑通也学全了“降龙二十八掌”，此时倘若他们两人联手，自己也无绝对把握。因此他一方面继续偷学藏经阁中典籍，潜心修炼，一方面关注自己孩子也关注着一干人等的动向，有意等孩子长大再找时机告诉他真相，父子联手报仇。
就在萧远山关注着孩子时，玄慈和叶二娘的这些苟且之事被他尽收眼底，看到玄慈的儿子出生，萧远山又起报复之心。玄慈之命他可暂时不取，但他害得自己家破人亡，骨肉分离，这种痛苦也要叫他玄慈承受。于是待得叶二娘生下玄慈儿子不久，萧远山便抢走了他们的儿子，在跟叶二娘争抢小孩之时，还抓伤了叶二娘脸上两颊留下各自三条血痕。
然后将这小孩丢弃在少林寺菜园当中，这小孩就是后来的虚竹。而叶二娘因为儿子被抢，忆子成狂，犯了失心疯，到处抢人家的孩子来玩，开始几天好生对待，玩了几天之后，清醒过来，发现这孩子身上并无香疤（虚竹出生不久，她就在他的背上两边屁股上，都烧上了九个戒点香疤。）醒起并非自己儿子，就将这孩子胡乱送给另一家人家，叫他亲生父母难以找回，而这孩子父母寻找不到自己孩子，就皆言被叶二娘所杀，因而叶二娘被称为“无恶不作”，成了江湖人眼中的大恶人，后被段延庆收于麾下，在四大恶人中排行第二，故称叶二娘。
少林方丈，难却尘心玄慈在叶二娘生下孩子之后，就跟她们母子断了联系。这是因为此时的玄慈即将正式接任少林方丈之位，倘若此事让人知晓，不但毁了自己声名，也毁了少林寺百年清誉。因而他留下银两，让叶二娘母子够以开支，就回少林接任方丈之位去了。后来听闻孩子被抢，叶二娘发疯变成恶人，他也曾想去寻找一番，但受制于自己方丈身份，已是身不由己，只能每日牵肠挂肚，想念其母子。
但作为一代高僧，修为不浅，为了不乱心神，自此将心念转移至武学之上，凭他天赋，武功修为反而更是精进。在玄慈四十岁上，见猎心喜，练成少林百多年来未曾有人练成的“大金刚掌”，内力刚猛，威力非凡。江湖人称其为“伏虎罗汉”，与“降龙罗汉”五台山清凉寺方丈神山上人并称齐名于江湖。这神山上人，在十七岁时曾想投于少林门下，但玄慈师傅灵门大师，与之交谈中，发现他锋芒太露，极为傲慢且器小，便婉言将他相拒于山门，这神山上人一怒之下投入了五台山清凉寺，最终成为了清凉寺最年轻的方丈，与玄慈齐名于江湖。
倘若当年这神山得以投入少林门下，按其脾性，不知道是否有可能会与玄慈相争方丈之位，还可能，当年雁门关一役会让神山上人带头而去，那这一番冤孽就可能与玄慈无关了。伴随玄慈在武林中的威望越来越高，江湖之人对他也是倍为敬仰，以致后来，杏子林中，昔日之因，被重翻天日，当年参与之人，皆对他维护之至，不敢透露他的丁点信息，却连累了多人死于非命。
玄慈亦将此事归咎于己，深感自己罪孽深重。最终揪出当年幕后黑手的慕容博，承明了一切因由，以罪己之身，解释杖刑而亡，也是了却了多年之愧。玄慈为僧一生，慈悲为怀，但误信慕容博之言，铸成大错，忏悔前愆三十年之久，又因破了佛门戒律，最终被责杖刑身亡。而自己之子又与当年错杀之人儿子结义金兰，其中因果，始终逃不出命运使然。
