在《合金弹头》后期的作品中，都有好几条路线可以选择，而且每一条路线遇到的敌兵都是不同的。玩家可以根据需求，选择适合自己的路线进行战斗。大部分的路线都是玩家比较熟悉的，不过也有一些相对来说比较神秘的路线，玩家一般不注意还真发现不了。说到合金弹头中的隐藏路线，可以追溯到最初的版本中。因为在《合金弹头》初代就已经出现了隐藏路线，只不过当年很多玩家并没有在意。
不过所谓的隐藏路线，仅仅是选择路线之后遇到的敌兵稍微有所不同而已。而在《合金弹头2》中出现了真正意义上的隐藏路线，初期甚至玩家们都没有发现。后期终于有玩家发现了，但是都不知道神灯的使用方法，直接吃掉加了十分《合金弹头3》中的支线是最多的，很多玩家甚至到现在都还没有搞明白到底有多少条隐藏路线。一般的路线都是在明眼处，虽然比较复杂但是并非是玩家不可到达的。
不过鸵鸟关和大象关就相对比较难找一点，当年我们最初玩的时候几乎都错过了。都是多年之后的某一天才发现了原来还有这么一条路线，感觉当年白玩了。不过，玩家要是选这两个隐藏路线的话，难度会降低很多的。隐藏路线和其他路线都是一样的，玩过之后就可以直接面对BOSS。不需要再将常规路线走一次。鸵鸟关大象关《合金弹头4》中的隐藏关倒是不多，一关隐藏关可以看到那些穿白大褂的科学家正在研究基因改造，将人类直接变成猴子。
玩家在这个场景中要是被科学家的子弹击中，就会直接变成猴子。不过在后面可以找到血清。《合金弹头5》中只有两条隐藏路线，都是非常神秘的，估计当年玩家都错过了。第一个隐藏路线在第一关，这里需要走位才能到达隐藏位置。里面有一个最新研究出来的小BOSS坦克，正在大量屠杀土著人。玩家到达之后会发现大量的土著人尸体，而小BOSS的攻击方式则让玩家措手不及。
另外一个隐藏点在通风口，当年又有多少玩家会认为这里可以通行？玩家只要跳到小兵的位置就可以触发隐藏路线。而隐藏路线的难度并不是很大，只需要在升降机上面保持站位就可以了。《合金弹头6》中的隐藏路线就只有那么一条，而且是关系着结局到底是谁来救主角。隐藏路线中，玩家可以乘坐火星之根进行战斗。直接杀入金星人的老巢。
经典游戏《合金弹头7》中出现的BOSS有没有震撼到你？
说实话，历代合金弹头系列中的BOSS都曾经给玩家带来过不小的震撼。按照合金弹头的套路，一般都是在前面的关卡中埋下伏笔，然后在最终关直接爆发，每次都能给玩家带来惊艳的感觉。除了初代摩登作为最终BOSS给人一种中规中规的感觉外，后期的合金弹头BOSS就没有几个正常的。二代最终BOSS火星母舰，地球人联合起来共同抗敌，看到这个轰动的场面当年的你是不是热泪纵横了？三代的最终关我们遭遇了摩登，战斗场景和初代最终关几乎一模一样，但是打败他之后我们才知道这才只是一个开始，最终战是在太空狙击火星之根；四代本想归于平淡，因此各种设置都倾向于初代，但是实力不允许啊！于是，最终出现了最终BOSS的三种形态。
就算打完之后还有漫长的逃亡之路。五代中的死神，带给玩家的体验绝对是地狱级别的。初次见到这个怪物的玩家，估计都被这家伙庞大的身躯和战斗力震慑过吧！六代的BOSS也是整个系列中最后的巅峰，虽然游戏的玩法和流程并不讨喜，但好在故事背景比较给力，人类终于和火星人合作共同抗敌，这才是玩家们最喜欢的剧情。最终BOSS异形皇后更是可以和《魂斗罗》中的BOSS媲美。
如今《合金弹头》系列早已经发展到了7和XX，那么这款游戏中的BOSS给玩家的感觉优势如何的呢？合金弹头7总共有七关，或许是因为前作的关卡少了被人诟病吧！七代主要讲的就是“未来科技”第一关BOSSWorm Mecha第一关是摩登最后的军事力量，在被打败之后之后就算是山穷水尽了。不过在一关摩登败北之后就会出现传送站，将未来的军事力量传送过来。
第二关BOSSCrablops二关的BOSS和三关的BOSS其实都是同一个。在二关被打烂之后，被未来科技重新组装并加强就成为了三关分裂的两个BOSS。第三关BOSS第四关BOSSFall Mecha就算是最简单的难度，估计大部分玩家都要死很多命才能过关吧！玩家必须掌握站位，懂得利用地形躲避子弹。期间还要注意中间冒出来的炮塔第五关BOSSThe Union又是一个坑新手的BOSS。
