人体的生理机能不需要意识来管理，身体自己会呼吸，肠胃自己会消化，心脏自己会跳动，脑下垂体自己监管各种贺尔蒙的分泌，免疫系统自动防御入侵体内的细菌、病毒，这一切都由低层潜意识包办了。 所以低层潜意识虽然说是「低层」，它的运作其实是非常高级而复杂。 管理身体运作这个部分，低层潜意识向来是做得很好，对于维持人体健康贡献良多。
人会生病，通常还是受到了意识的不当干扰呢！ 低层潜意识是藏量无限的记忆库，人的一生大大小小、钜细靡遗的记忆全部储存于此，甚至多生多世的记忆也安然保存于此。 低层潜意识也是兽性、本能的世界，是人类原始而不文明的部分，是犯罪及暴力行为的源头。 低层潜意识容纳了所有不被意识接受的压抑，因而形成了恐惧症、强迫性的思想行为、妄想、幻觉及噩梦。
这个部分的低层潜意识没有逻辑、理性，而以强烈、动态、隐讳的姿态，犹如地球核心高温高压的岩浆在汹涌翻腾，日夜不休。 佛洛依德的精神分析理论有时也称为「深度心理学」，特别热衷于挖掘低层潜意识。佛洛依德曾在致友人信中说：「我只对人的地下室有兴趣。」如果偏狭地只以低层潜意识来诠释整个人，难免会陷入悲观倾向及化约论的观点。
这正是为什么后来即使是精神分析的门人也不断修正佛洛依德的理论。如方东美先生说的，心理学要有深度，也要有高度。（注） 二、中层潜意识 精神分析学派称为「前意识」（pre-consciousness），是指平常没有存放在意识的材料，只要我们进行回忆、思考、表达就能调动出来的，这些材料就是位于中层潜意识。例如，「你的行动电话号码是？」「你的高一导师叫什么名字？」「你的第一个男朋友是谁？」诸如此类。
这些问题还没提出之前，资料并不在你的意识，而是储存在中层潜意识。意识和中层潜意识之间并没有鸿沟，很容易藉着反省而引入意识层次，有时一个反问就足够了。凡是埋藏在低层潜意识的，就很难发觉，这是心理治疗者最大的挑战了。 三．高层潜意识 当一个作家埋首疾书，灵感源源不绝，佳句连篇，字字珠玑，事后，连自己都很惊讶：「我怎么能写得这么好？简直如有神助。
」这时，我们可以说，在那当下他接通了高层潜意识，达到平常状态下不能臻至的境地。 阿米埃的秘密日记里提到：「有一回夜里，在北海荦确的岸上，我仰卧沙滩，游目于天河----那时我像是能手扪星辰，拥有无限！在神圣的瞬间、出神的片刻，思想飞越世界，以海洋般广大、安静、深沉的气息呼吸，与苍穹一样澄清无垠----这是不可抗拒的直觉当下。
我觉得自己与宇宙一样大，与神一般宁静……」这时，我们可以说，阿米埃接通了高层潜意识。 自从一八四五年德国化学家霍夫曼发现苯之后，许多化学家绞尽脑汁要破解它的分子结构，然而对当时的人类从未想到环状的分子结构是可能的存在，所以化学家们纷纷撞壁而相继放弃。一八六五年某个寒夜，已经研究多年不肯罢手的化学家库凯里在一整天日徒劳无功的探索后，歪在火炉边打盹，意识滑入梦乡，然后，奇怪的事情发生了，他在梦中看见一大堆原子在眼前雀跃，其中有一群原子排成长长的炼，在那儿扭动、盘卷，再仔细一看，啊！是一条蛇咬住自己的尾巴，而且得意洋洋地在他面前猛烈旋转！ 像被闪电击中，库凯里立刻惊醒，领悟到苯的分子结构是前人未曾梦想过的封闭环状，难怪那些抱持旧有的开放式炼状观点来研究的专家通通碰了一鼻子灰。
从此，化学研究也因为这个革命性的发现而进入新的里程碑。 在那个看见蛇咬尾巴的梦境中，库凯里领悟到苯的环状结构式，这时，我们可以说，在那当下他接通了高层潜意识。 清凉文益来参访着名的禅师罗汉桂琛，没有收获，临行前，罗汉桂琛问清凉文益：「你常常说三界唯心，那我问你，院子里那块石头是在心里面，还是心外面？」 清凉文益当时还没开悟，就按照逻辑回答说：「既然三界唯心，所以那块石头在心内。
」 罗汉桂琛就笑说：「你这个修行人把那么大的石头放在心上不累啊！」 清凉文益楞在那儿不知如何回答，就留下来跟着罗汉桂琛参禅。一个多月后，他把领悟的道理说给罗汉桂琛，罗汉桂琛摇摇头说：「佛法不是这样的。」 清凉文益说：「我撞到铜墙铁壁，辞穷理绝了。」 这时，罗汉桂琛说：「若论佛法，一切现成。」 清凉文益当下开悟。
