同时唐朝还在朝鲜半岛南部设置了熊津都督府管辖百济故地。而向大唐臣服的新罗则被设置为鸡林州都督府，都督由新罗国王担任。经过多年的东征，大唐王朝将整个朝鲜半岛纳入了自己的控制范围。这也为后来的唐罗战争埋下了导火索。在治理高句丽遗民的时候，薛仁贵能够任用当地的贤能之士，并且以仁爱为治理的基本原则。他帮助高句丽恢复了生产和治安，让高句丽遗民们很是感激。
这也就是后人所说的“薛仁贵仁政高句丽”的故事。然而，自从平灭高句丽以后，老薛开始走背运了。不久以后，他离开高句丽，再次被派去征西。七，大非川惨败。公元670年，李治为了争夺吐谷浑而命56岁的薛仁贵领军五万征讨吐蕃，他安排副将郭待封将辎重粮草驻扎在地势险要的青海大非川。自己亲自率领精锐突袭敌人的重镇乌海城，驻守在这里的吐蕃军大败而逃，薛仁贵占领乌海城，并打算下一步就直接突击吐蕃都城逻娑城(今拉萨)。
如此一来，可以彻底解决吐蕃给西域带来的威胁。然而就在胜利即将到来之际，后方却出问题了。原来这个郭待封也是出身将门，身份尊贵。之前一直与薛仁贵是平级的将领，但此时却作为副将管理辎重粮草，这让他心里很不平衡。他不愿意功劳被薛仁贵独占，于是违背了薛仁贵的安排，擅自带领军队离开大非川缓缓前进。结果，离开了有利地形，唐军的粮草辎重部队被吐蕃和吐谷浑联军围困，死伤惨重。
断了粮草补给的薛仁贵无奈只得从乌海城撤军救援，唐军退回到大非川。吐蕃和吐谷浑联军四十万进攻大非川，唐军惨败。战败后薛仁贵与吐蕃鉴定了停战条款而得以回国。大非川惨败后，朝臣纷纷请求严惩战败将领。薛仁贵对唐高宗做出了自己的辩白:“根据天象显示，不宜西征，出师不利失败，是注定的事。”唐高宗听后大为恼火，直接将薛仁贵贬为庶人，这算是从轻发落了，因为要按照当时造成了严重后果来说，是该直接被处死的。
这说明李治给他留了一条后路。八，再次启用与流放象州。薛仁贵被贬为庶民的这些年到底干了什么，由于史料的缺乏，我们后世也不知道。但是就在他被贬谪以后没多久，朝鲜半岛又开始叛乱了。于是唐朝再次启用薛仁贵，这次他被任命为鸡林道总管。关于薛仁贵任鸡林道总管时发生了什么，国内的史书没有记载。只是说老薛这次又因为惹事情被流放到广西象州去了。
但是在朝鲜古代的《三国史记》中，到是可以梳理出薛仁贵在鸡林州时发生的事情，原来他又打败仗了。当时，由于大唐的势力已经囊括了整个朝鲜半岛，这让新罗很不满。他联合一部分反唐的高句丽和百济国的遗民，趁着唐朝与西方的吐蕃用兵时，不断侵蚀唐朝设置的熊津都督府。战争最终爆发，高宗仪凤元年（公元676年）十一月，薛仁贵率军与新罗军在伎伐浦(熊津江下游入海口处)展开激战，结果是唐军惨败。
