杨龙二人终于重逢于绝情谷底，后杨过飞石击毙蒙古皇帝蒙哥，将襄阳之危化解。三论华山，杨过以"西狂"之名，位列五绝，之后二人归隐江湖，隐居于古墓。不久长子杨思望出生，杨思望自幼天赋异禀，聪明过人，深的杨过与小龙女喜爱。就在杨过一家共享天伦之乐之时，忽闻蒙古铁骑重新围困襄阳，杨过担心郭靖夫妇，安顿好妻儿之后，马不停蹄赶到襄阳。
黄蓉深知襄阳城破乃迟早之日，于是与杨过共商城破后的刀剑计划。此时身为丐帮帮主的耶律齐，因与郭芙多年来一直未有子嗣，唯恐耶律家族绝后，而心怀芥蒂，加之忽必烈暗中允诺，如其投降，不仅会给其父耶律楚才平反，还将长公主月烈下嫁于他，并扶持其当上武林盟主。倚天剑与屠龙刀刚刚锻造完毕，耶律齐策反郭靖失败，以至投敌之事提前暴露，随即耶律齐偷袭了郭靖，并使之受伤，然后带领部分丐帮净衣派弟子出城投降于忽必烈。
不久蒙元大军开始攻城，襄阳太守吕文焕贪生怕死，与其子降元攻宋，以至郭靖夫妇与郭破虏以身殉国，屠龙刀遗失疆场，郭襄则因在川西而躲过了一劫。郭芙在杨过拼死保护下突出重围，逃离襄阳，回到了古墓。郭芙因父母双亡，丈夫背叛伤心不已，幸有小龙女的悉心安慰，及杨思望的烂漫无邪才稍稍使其心情平复一些。耶律齐投敌后，如愿以偿，父亲被平反，娶公主为妻，并成功当上了武林盟主。
蒙元为了打击江湖中武林中人的抗蒙势力，于是委派耶律齐蚕食各大武林门派。耶律齐知道自郭靖死后，杨过已然成为中原武林的精神领袖，于是率领众爪牙杀上终南山，攻击古墓。混战中，杨过、小龙女、郭芙虽幸运脱身，可是年幼的杨思望却不知所终，寻找数月后，三人唯恐耶律齐再次来袭，只得悻悻远赴西域白驼山而去。小龙女因思子心切加之鞍马劳顿，到达白驼山不久便撒手人寰，离世而去。
郭芙心痛之余，默默地照顾着郁郁寡欢的杨过，三年后，杨过才从丧妻丢子之痛中缓了过来。从郭芙断杨过手臂，到耶律齐叛变，父母双亡，再到杨过丧妻丢子，二人饱经风霜，经过了这么多的事，世事也渐渐看淡，恩怨情仇不萦于怀，两颗疲惫的心在相互鼓励下，放下了以前的心结，两人终于走到了一起。翌年,杨过与郭芙之子杨破天出生。
杨破天自小便天资聪颖，武学天赋极高，杨过夫妇对其也是视若珍宝。此时的西域也并非静水一湾，各种帮派及势力犬牙相错，龙蛇混杂，既有蒙古“黄金家族”察合台汗国的统治，又有昆仑派、天山派、西域少林派大大小小数十家，还有屡被朝廷围剿，不得不转入地下活动，隶属于波斯的明教。明教32代教主衣琇偶然认识杨过后，被其独特的人格魅力及远见不凡的见识深深折服，于是依从杨过建议，将推翻蒙元暴政作为明教宗旨，而非为称霸武林。
正巧，察合台汗国王子忽勒准备率军西进阿勒泰，衣琇带领明教兄弟设伏将忽勒击毙，由此，明教在西域声名大震，中原武林也对其刮目相看，数个如天山派、西域少林的帮派纷纷归于明教麾下。待到杨破天弱冠之年，杨过听闻屠龙刀流落到波斯明教总坛，于是让杨破天远赴波斯一探究竟。波斯总坛见杨破天器宇轩昂，乃人中之龙，合议后决定交出屠龙刀可以，但杨破天必须加入明教。
杨破天为能将屠龙刀取回，也就答应了明教总坛的条件，于是杨破天带着屠龙刀与明教圣物圣火令回到了西域。衣琇见杨破天立下如此奇功，也就将教主之位传于于他。杨过、杨破天恐唯恐杨思望的悲剧重蹈覆辙，杨家后人被蒙古人继续追杀，于是杨破天改名为阳顶天，阳顶天也专修了圣火令上“山中老人”霍山所篆刻的乾坤大挪移，并将白驼山改名为光明顶。
明教势力越来越大，让蒙元朝廷很是不安，于是令耶律齐率已投靠朝廷的全真教，围剿势力相对较弱的江南明教。就在江南明教教主柳啸天及其女柳芯茹和徒弟成昆全军覆没之际，阳顶天赶到。阳顶天由于乾坤大挪移所练尚未精进，不由使出降龙十八掌，在耶律齐的惊愕之中，阳顶天一掌将其击中。耶律齐当知道阳顶天为郭芙之子后，面有愧色，留言他这一辈子做得最错的一件事便是背叛郭芙，随后气绝身亡。
此役之后，明教更是如日中天，天下武林唯明教马首是瞻，明教也是一呼百应。柳啸天见西域明教实力如此之大，于是将其中原明教并入了西域明教。当柳啸天带着女儿柳芯茹前去光明顶时，杨过见柳芯茹颇有七八分小龙女年轻时的模样，心生好感，遂收其为义女。多年未踏入中原的杨过，古稀之年在郭芙的陪同下首先去古墓重游了故地，然后上华山准备拜祭欧阳锋与洪七公，不想在华山之巅见到一对青年男女，那青年男子竟和杨过年轻时长的一模一样。
