张三丰眼见大批的武林人士被元廷所杀，作为江湖第一人，隐隐已经是武林领袖的张三丰岂能无动于衷？在亲手毙了几拨元廷派出的高手后，感觉这样治标不治本，不是最好的办法，于是果断决定擒贼先擒王，怒上大都杀进了皇宫。元廷大肆屠戮爱国江湖人士，张三丰怒斗元廷国师和宫中第一高手入主中原后，元廷对国内的反抗势力的打击一直未曾停歇过。
神雕结束张三丰才十几岁，转眼张三丰已经是百岁老人了，将近百十年武林都发生了什么？
神雕末到倚天开启时这几十年时间中，一代宗师张三丰迅速崛起，击败百损道人，激斗葵花宝修炼者朴不花，力拼国师八思巴，上演了一场场荡气回肠的动人篇章，让这段空窗期变得精彩万分。张三丰武当山中，一代宗师强势崛起觉远大师因不忍自己疼爱的幼徒被少林责罚，竭尽全力挑着郭襄和张君宝拼命奔逃，直到真气不继，力竭之后才在一个小山头停下了脚步。
最终在夜里觉远大师圆寂，临终因不忍《九阳真经》这样的绝学失传，于是将之念诵出来，张君宝此前曾得过觉远传授基础法门，有些基础，于是记下来了五六成，郭襄和赶来的无色禅师记下了三四成。因不想寄人篱下，年幼的张君宝拒绝了郭襄到襄阳城投奔郭靖黄蓉夫妇的建议，上了武当山。在山中张君宝朝饮晨露，暮餐晚餐，博览道教典籍，结合自己记下来的《九阳真经》，闭关修炼十余年，某一日在山间闲游，仰望浮云，俯视流水，张君宝进入了武学中难得的顿悟状态，在洞中苦思七日七夜后，猛地里豁然贯通，领会了武功中以柔克刚的至理，自此一代宗师初露峥嵘。
张三丰然而张君宝只是内功有成，觉远大师不通武功招式，张君宝会的只有杨过所传的四招，以及从郭襄送他的铁罗汉中悟出来的罗汉拳，武功尚有极大缺陷。于是张君宝下山游历江湖，观看借鉴其他武林人士的招式，几年之后渐有所悟，于是又回到武当，闭关思索几年后，创出纯阳无极功、绕指柔剑、神门十三剑、梯云纵等功夫，四十岁的时候张三丰武功圆满，一代宗师至此强势崛起。
郭襄病逝，风陵师太遇袭，张三丰怒败百损道人张三丰武功大成，开始成名于江湖后，郭襄也在四十岁的时候一朝顿悟，选择了在峨眉山出家开山立派，创建了峨眉派。虽然张三丰始终记着郭襄对自己的照顾，一直贴身保管着她送自己的铁罗汉和那只金丝镯儿，然而造化弄人，物是人非，张三丰也只能将这份情意深埋心间，只是默默关注着郭襄的动静。
郭襄和张君宝在张三丰57岁的时候，60岁的郭襄溘然长逝，将掌门之位传给了徒弟风陵师太。张三丰感念郭襄对自己的好，于是一直默默守护着峨眉，暗中出手替峨眉料理过好几位强觊觎倚天剑的强大对手。60岁的时候，张三丰选择了在闭关的武当山出家，创建了武当派，并收下了在游历江湖时就看中的几位资质较好，无家可归的孤儿为徒弟，命名为宋远桥，俞莲舟、俞岱岩。
只是在他闭关了一年多，思索几个武学上的难题时，江湖却发生了几件大事。此前一直只听说大名，未曾碰到的一位邪派高手百损道人趁他闭关，开始疯狂出手，打伤了好几位正派高手。并放出话来，要上峨眉夺郭襄传下来的倚天剑。风陵师太闻言气不过，下山在成都府与百损道人大战一场，结果被百损道人的玄冥神掌所伤，强撑着回到峨眉。
风陵师太风陵师太知道武当的张真人是自己师父的好友，于是送信给他，请求援手。眼见自己的好友郭襄的徒弟被人欺负，张三丰怒上心头，赶到了峨眉山为故人之后撑场面。在峨眉山中，张三丰堵住了正要上山行凶的百损道人。两人见面，话不投机就直接动起了手。百损道人早闻张三丰大名，知道他内功高强，武功独到，于是小心翼翼应对，二人拳来脚往打做一团，激斗一百余招，百损道人渐落下风，眼见不敌之下，于是咬牙用出了此前忌惮张三丰内力高深而不敢用的玄冥神掌。
张三丰修炼的武当九阳功，以及纯阳无极功的内力属于阳刚属性，根本不惧玄冥神掌的寒毒，百损道人一掌打出，反被张三丰用深厚的内力将玄冥神掌的掌力逼回了自己体内，百损道人自己坑了自己，被玄冥神掌的寒毒侵入心脉，眼见就要丧生于此，于是三十六逃为上计，转身就欲溜走。但张三丰岂能让他如愿，从而给峨眉和自己的武当后辈们留下后患？运起轻功闪电般冲上前，一掌拍出正中百损道人后背，百损道人惨叫出声，被一掌打下了峨眉山的百丈悬崖，眼见生还无望。
张三丰然而自己虽然不惧玄冥神掌寒毒，但风陵师太内功底子稍浅却扛不住，张三丰虽然尽力救治，但风陵师太还是坚持了不到半年就过世，将掌门之位传给了幼徒灭绝师太。临终时，风陵师太请求张三丰看在师父的面子上，照看峨眉几年，免得自己徒弟太小无力撑起峨眉大局。元廷大肆屠戮爱国江湖人士，张三丰怒斗元廷国师和宫中第一高手入主中原后，元廷对国内的反抗势力的打击一直未曾停歇过。
国内局势稳定后，更是建立了一个专门的组织来清剿爱国的江湖人士。这个组织是以投靠元廷的番僧以及宫内宦官为主，朴不花就是组织的首领。张三丰眼见大批的武林人士被元廷所杀，作为江湖第一人，隐隐已经是武林领袖的张三丰岂能无动于衷？在亲手毙了几拨元廷派出的高手后，感觉这样治标不治本，不是最好的办法，于是果断决定擒贼先擒王，怒上大都杀进了皇宫。
这一战，也差点让张三丰折戟沉沙。元廷皇宫也有两位超级高手护卫着皇宫，一位是国师八思巴，修炼了密宗所传的神奇武功大手印。一位是高丽出身的宦官朴不花，修炼了《葵花宝典》，武功也是到了登峰造极的地步，是元廷暗藏的绝顶高手。眼见张三丰闯进皇宫，大批宫中侍卫或死或伤，根本无法阻拦张三丰分毫，这两位宫中供奉出手了。
朴不花朴不花的修炼《葵花宝典》多年，早已经修炼到了“天人化生”的境界，整个人如同一朵飘动的红云围绕着张三丰转，手中的绣花针寒光闪烁，专刺张三丰的双眼及周身要穴。张三丰沉着冷静，以自己悟出的后发制人，以不变应万变的武学至理来应对，每每朴不花逼近身旁，总是被张三丰轻描淡写的一掌迫开，斗了五百余招，张三丰已经看出了端倪，这位朴不花朴公公只是速度出色，攻击力并不足，于是故意露了一个破绽，趁其一针刺来时，微一侧身，朴不花刺向咽喉的针只刺中了他肩膀。
张三丰一指点出，朴不花委顿在地，再也动弹不得。在暗中观看的八思巴见状，只得走了出来，使出密宗的大手印功夫和张三丰较量一番。不得不承认，这位国师才是元廷的第一高手，身形飘忽，轻功不在修炼了《葵花宝典》的朴不花之下，大手印更是高明，掌力异常雄浑，竟似不在传说中的《龙象般若功》之下。张三丰打起精神，手持真武剑，以慢制快，运起四两拨千斤之法，凝神应对。
朴公公正酣战间，突然张三丰精神一阵恍惚，动作不由慢了下来，原来八思巴精通密宗的精神攻击之法，趁酣战间张三丰无暇他顾之际发动，一击凑效，成功打乱了张三丰的攻击节奏。高手争斗，哪容得丝毫疏忽？等张三丰靠着强大的意志力恢复了神智，回过神来时，八思巴的大手印已经拍到了面前。间不容发之际，张三丰拼尽全力扭转身子，在左臂挡了八思巴一击，右手挥出，趁八思马得手正兴奋时，一掌击在八思巴胸膛，将对手打伤，双方拼了个两败俱伤。
但张三丰毕竟底蕴深厚，摧动真气运转几个周天，体内郁积之气已吐出，受伤的左臂对战斗力影响并不大。眼见无法阻拦，八思巴只能以言语相劝，问张三丰到底要做什么，难道不怕弑君之后其他人面临更大的报复？张三丰思索了一会，考虑了一下后果，也觉得此时不是击杀元廷皇帝的最好时机，杀之有害无益。于是提出了自己的条件，那就是元廷不得对付江湖门派。
只要江湖门派不主动挑衅官府，元廷不得出动官兵和高手对江湖门派下手。张三丰隐身在暗处的皇帝听到了张三丰的话，对张三丰的武功也是震惊不已，于是答应了张三丰的条件，双方达成了默契，各自相安无事，互不袭扰。就这样各大门派和朝廷开始和谐共处，双方不再厮杀。又在江湖行走了几年后，张三丰渐感无趣，江湖早已经盛传张三丰大名，无人敢和他动手，整个江湖也没有了值得张三丰动手之人。
