火影忍者开始为我们提供的主线是：鸣人的成长“一个吊车尾的故事”、忍术更多的是欺骗”欺骗对手，战术取胜“我们来一起回顾一下在卡卡西打再不斩时的剧情：因为再不斩的能力，卡卡西吃了不少亏，再不斩在雾中几乎站在不败的境地之上，而卡卡西能够获胜再不斩的重要因素主要还是对于情报的收集“如何洞悉出再不斩的弱点”。开始的卡卡西完全盲目的使用写轮眼的复制技能，两人就只能你一拳我一拳都不受到任何损伤，即使卡卡西始终处于略势。
在卡卡西展示了几乎所有技能后，获得最大的收获就是：如果我们不能用眼睛锁定敌人的攻击，那就换用另一种感知“嗅觉”，没错卡卡西的通灵兽是狗，最敏感的是气味，通过气味去锁定再不斩，雷切的巧妙运用一击制服再不斩。我们反过来再看，开始卡卡西的略势不就是一种欺骗嘛，最终的目的是收集敌人弱点，简简单单的通灵术＋雷切就可以将再不斩打败。
鸣人的成长故事“吊车尾逆袭成仙”：火影忍者最明朗的主线是鸣人的成长，推动着整个火影的剧情发展。从一个从小无父无母被人唾骂的人柱力、吊车尾，在卡卡西、再来也、蛤蟆的教导下一步步成长起来。到鸣人和佩恩打的时候，不仅收集情报的自来也死了（一向给人一种天下无敌，只要自来也在就安全感爆棚的自来也，居然死掉了，那不就意味着火影忍者大结局了嘛？），并且鸣人也不再是之前的吊车尾。
经历了妙木山的培训已经掌握了仙人之力加上手里剑螺旋丸，佩恩死了。转过头来又死循环似的，搬出来忍术的开山鼻祖六道仙人，从头继续修炼只为最终经历第四次忍者大战打败大简木辉夜，最终和佐助进行最后一次生死大战。修炼再修炼，循环再循环，佩恩死了，再让鸣人变废柴再循环，”博人转“的出现也是颇为多余的想要继续这样的死循环。
一个个强大的人物再佩恩之后陆续浮出水面，很早就死掉的宇智波带土、已经消失的无影无踪的宇智波鼬、就连已经死掉的27位影也被“秽土转生”作死的复活打下手，是没有厉害的对手了，还是整部剧只有鸣人再修炼变强，其他人都在“坐吃等死”呢？在鸣人打完佩恩后，转为了佐助黑化去打自己的哥哥鼬。就好像另一种循环的开始，佩恩的掌控着是长门，而长门的师傅是自来也，那长门就相当于鸣人师兄的存在。
备选线路：佐助为消除心中的仇恨沦为叛忍找哥哥宇智波鼬报仇。这样的路线不就相当于鸣人一步步成长战胜了自己的师兄长门，而佐助叛忍后修炼找到自己的哥哥鼬在战胜鼬么？不仅如此，陆续出来的假死状态下的“宇智波带土”，已经被写死的带土居然突然蹦出来组建晓组织去收集尾兽的力量报复木叶村。这点着实让人想不通，因为没能救的了带土，那报复的应该是卡卡西呀，为何又要跑出去祸害木叶村呢，为了展现自己强大的实力？可是带土的实力却用在了最后第四次忍者大战的时候，那中间祸害木叶村未免现得太过多余。
忍术无用，“秽土转生”乱入导致忍术极限设定崩坏从鼬的须无能乎开始说起，须无能乎是鼬最强大的技能，但相对的用过后会死。但是快到忍者四次大战的时候鼬还是完好无损活蹦乱跳的，仅仅是因为大蛇兜用“秽土转生”将鼬复活了，还有用多了会变瞎的宇智波一族的写轮眼，至今未见没见过一名用眼用多了成近视眼的，当然宇智波佐良娜除外（确实用多了，宇智波家族的基因有了得近视眼的风险）。
另外的还有凯的八门，早就有传言凯的八门全开必然会结束生命。但是巧妙的是，夜凯状态下鸣人的“点击术”将凯救活了，仅仅用一双腿做代价换回了生命。而在鸣人和佩恩的战斗中，不知鸣人被钉在地上用了几招天道，鸣人却依然活蹦乱跳的和佩恩讨论火影精神。不管是忍术的设定也好，还是忍术的极限设定也好，在打佩恩之后犹如形同虚设，战力已经开始崩塌。
怎么不会让人认为“佩恩之后再无火影呢”？鸣人靠”嘴遁“说死了长门，要啥高级设定，忍术无敌呢？说到鸣人的嘴遁可所谓管穿全局，下忍考试的鸣人只有影分身傍身、一招体术”千年杀“打败了防御力最强的我爱罗的守鹤。在于佩恩的战斗中也是这样，在佩恩的语录中有这么一段话：世界和平什么的，离我太远了，我呀守护木叶村就够了。
一直以来，我得梦想就是成为火影。你让我体会痛苦，那就要体会我的愤怒。未来我将成为火影，替木叶背负仇恨与痛苦。紧接着伴随着佩恩话语的背景就是木叶村被他夷为平地，这就是他的守护方式，忍术的真正打开方式是毁灭嘛？实力这么强横的长门，自来也死了，而鸣人打败长门的方式竟然是嘴遁，还让长门用忍术复活了被长门杀死的所有人，这是时光倒流的忍术嘛，那秽土转生又有什么用。
