庞大的走私团伙背后是闽浙地方豪强“势家护持之，漳、泉为多，或与之通婚。假济渡为名，造双桅大船，运载违禁物，将吏不敢诘也”。在贸易中，中国走私商人“颇抑勒其值”，在无法偿还时便以报官恐吓以求拖延。由于始终无法兑现，倭人大怒，勾结中国海盗杀人取偿“内地奸豪往往与为市，不偿直。夷索逋急，则哃喝官府以纵寇为词，共出则阴泄之倭，速其去，且树德也。
如是者久之，倭大恨，言我挟王资而來，不得直，何以归报？因盘踞岛中，亡命无赖及小民迫於贪酷，饥寒困苦者咸相率从乱”。在报复的过程中，倭寇看到中国东南沿海武装力量极为薄弱，于是便放弃走私贸易转而进行无本万利的武力劫掠。图4 1380年的倭寇面对这样的状况，“淸强峭直，勇于任事”的朱纨采纳了佥事项高和部分士民的意见，认为“不革渡船则海道不可清，不严保甲则海防不可复”，上疏朝廷要求再次严厉海禁，以求杜绝倭患。
朱纨在此次禁海中做的极为出色“视事日悉扫一切应酬，早夜申约束通海内地奸民”，在最高长官以身作则下，闽浙地方海禁执行严格“革渡船，严保甲，一切禁绝私市”。在这样的高压下，走私贸易受到严重打击。但是，闽浙大族与普通百姓都靠海为生，如此严厉的海禁政策截断了其收入主要来源，招致了地方上下的一致反对“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也，欲沮坏之”。
势家大族想要拉朱纨下水，从金钱和仕途上对朱纨威逼利诱“宁波赵文华啖以南京侍郎，挟以身后之祸，说以市舶之利，与屠侨屠大山内外交煽尤力”。但是朱纨一心以海禁除倭报国为重，不为所动，厉行海禁“公有文武才略，清强峭直，深恶墨吏大猾如仇雠，前后所操切，黄墨以下多望风解印绶去”。图5 明军出征抗倭寇 水上激战在严格海禁的同时，朱纨还采取了一系列强硬的军事措施，有效地打击了沿海倭寇“公提兵平漳州同安寇，抚岛夷六百人；移镇定海，屡破贼馀皇，又大破贼于温、盘、南麂诸洋”，并于嘉靖二十七年四月擒获贼首许栋，填塞了海盗的重要根据地双屿岛。
但是在朝中闽浙籍官员的左右下，朱纨仅仅得到一次封赏。由于利益上的不可调和，朱纨与闽浙大族的矛盾愈演愈烈。嘉靖二十七年五月，仅仅在填塞双屿岛的后一个月，日本贡使未按期来贡，朱纨请求朝廷允许。夜晚有人以书信投到贡使居住的驿馆，挑拨贡使袭杀朱纨，闽籍官员得知此事但并未告诉朱纨。所幸这次挑拨未能得逞，而朱纨的请求在阻挠下也未得允许。
与此同时，闽浙大族借口朱纨擒获的“皆良民，非贼党”，并且“挟制有司，以胁从被掳为轻比，重者引强盗拒捕律”。朱纨上疏申辩，“言去外夷之盗易，去中国之盗难。去中国之盗易，去中国衣冠之盗难”。并使用手中的权力便宜行戮。闽浙士大夫对此惊恐痛恨，“于是诸不便者大哗诋诬，惑乱视听”，发动在朝为官的闽浙籍言官周亮、叶镗弹劾朱纨。
世宗受到蛊惑发生动摇，将朱纨由原任提督闽浙军务、巡抚浙江改为浙江巡视，“仍改巡视，事宁回京。凡一切政务，巡按御史如旧规行”。图6 严嵩（1480年－1567年）此次落职对朱纨影响极大，他手中的权力大大缩水，不能再像以前一样有效贯彻自己的政策。面对这种情况，朱纨数次上疏朝廷申辩，在奏折中“语多激愤”，触怒了当时朝中的首辅严嵩“因而有侵执政语，执政闻之亦不善也”。
在落职之前，朱纨击败了劫掠诏安的佛郎机人，抓住了另一个重要贼首李光头，将之处死，并以此为契机弹劾世家大族“复以便宜戮之。具状闻，语复侵诸势家”。这一次，言官陈久德弹劾朱纨擅杀，朝廷“落纨职，命兵科给事中杜汝祯按问”。朱纨自知因为自己行事清廉刚果，得罪了朝廷大员与闽浙势族，又无钱贿赂前来调查的官员，不愿对簿，于是饮毒药自杀“公居恒叹吾贫无贿赂不任狱，病痔不任狱，负气不忍诟不任狱。
纵天子不欲死我，大臣且死我；大臣即不死我，而二粤之人必死我。我死自决之，不以授人也。乃草生誌，慷慨引鸩以卒。年仅五十有八”。果然，朱纨死后按问官员回复朝廷，坐朱纨擅杀。朝廷下令逮捕朱纨，朱纨已死，便把朱纨的两个得力副手海道副使柯乔、都指挥卢镗问成死罪关押。图7 倭寇的盔甲朱纨死后，朝廷罢免巡视大臣数年不设，海禁再度松弛，朱纨整顿的武备也再度废弛。
