之后庙门打开，一个小女孩冲进了肖恩的怀里，命令他赶快逃。而苦荷则跟一个黑影打了起来，实际上就是挨揍，一招就被秒了。三人逃回帐篷之后，小女孩给了苦荷一本天一道功法，给了肖恩一颗药丸，然后警告两人不准说出神庙的任何信息，然后独自离开。苦荷靠那本秘籍成了天下第一个大宗师，而肖恩吃了那颗药，结果只是体质稍微增强了些，并没有长生不老。
后来范闲推测，那颗药多半就是我们常见的蓝色小药丸。肖恩临死前，把所有信息告诉了范闲，重点是把神庙的方位透露出来，这让范闲有了揭秘神庙真面目的机会。神庙的真实面目范闲在第一次布衣单剑朝天子，被庆帝吊打以后，知道除了五竹叔之外，没人可以跟庆帝对刚。所以他带着王十三郎跟海棠朵朵，沿着当年肖恩苦荷的足迹，一路向北找到了神庙。
肖恩苦荷也好，海棠朵朵王十三郎也好，他们的常识无法理解神庙这种超然的存在，但范闲是二十一世纪的魂穿人，见过各种超越当代的高科技，所以神庙接触到他的时候，立刻就被破解了。首先肖恩看到的那块牌匾，上面刻着的不是蝌蚪文，而是英文跟中文。肖恩看到的“勿”，其实是被风化后剩下的半个字，本来应该是个“物”字。范闲还看到了三个没被风化的英文字母“M”，结合整体排版布局，范闲推断全称应该是“military museum”，也就是军事博物馆。
后来神庙用全息投影的方式，告诉了范闲这个世界的真实面目。在几十万年前，人类经历了核大战，文明被摧毁殆尽，整个世界进入了漫长的核冬天。而战争开始的地点，就是后来的大东山，也是整个地球核辐射值最高的地方。战争幸存下来的人类乘坐太空船离开地球，建立了星际殖民延续文明。在旧人类离开地球之前，将所有武器跟科技的样本放在了北极军事博物馆中，叶轻眉带走的巴雷特，以及黑箱子里所有的道具都是博物馆里偷来的。
而人类文明的所有数据被输入了一台超级电脑，将地球文明重启的任务也交给了超级电脑。除此之外还留下了一部分旧人类的记忆数据，准备在将来核辐射降低到适合人类生存之后，让这些人类重生。叶轻眉拥有的是二十一世纪理工女的记忆，而范闲则拥有重症肌无力患者范慎的生前记忆。范闲跟叶轻眉的肉体，实际上是地球上重生的新物种，不但可以跟核辐射共存，甚至还能用核辐射转化为真气修炼武功，与其说是人类，还不如说是人型生物武器。
神庙操控世界的手段神庙的超级电脑按照四大定律去引导新文明的重启，并且对所有打破定律的人类进行清除消灭。其中三条定律就是我们常见的机器人三定律，只不过把主语换成了神庙而已。第一定律，神庙不得伤害人类，也不得见人类受到伤害而袖手旁观。第二定律，神庙应服从人类的一切命令，但不得违反第一定律。第三定律，神庙应保护自身的安全，但不得违反第一、第二定律~~~唯一不同的是，神庙还有一个最高宗旨的零定律，正因为有这个零定律，神庙实际上成了人类世界的操控者，而不是服务人类的仆人。
第零定律，神庙必须保护人类的整体利益不受伤害，其它三条定律都是在这一前提下才能成立。按照这四大定律，神庙使用了三种方式引导人类文明发展。第一种是神庙使者，也就是五竹那样的仿生机器人，以核辐射为能量来源。他们除了帮助人类生产之外，还会去消灭一些人类无法战胜的天敌，另外新人类的武功也都是神庙使者传授的。所谓的武技，就是超级电脑编写的程序，如何将核辐射能量转换真气，而最高级别的三本秘籍，就是霸道功决、天一道功法、无名剑谱，叶轻眉偷走之后，创造了几个大宗师。
除了帮助人类以外，神庙使者也会执行清理任务，也就是消灭掉超级电脑认为威胁人类文明发展的祸害。而若干年来，叶轻眉就是神庙官方指定的必杀对象。只不过叶轻眉策反了最强的神庙使者五竹，结果神庙使者一个接一个被五竹杀死，最后神庙变成了只能全息投影的光杆司令。在小说中正式登场的神庙使者有三个，除了五竹之外，还有一个是叶轻眉临盆时，把五竹引走的神秘高手。
以及在范闲清理二皇子势力的时候，跑到范府来刺杀范闲的布衣宗师。五竹杀死这两个使者后，自己也都受到重创，并且失去了一部分重要记忆。第二种执行神庙使命的，就是所谓的“天脉者”，天脉者是可以直接跟神庙对话，并且得到神庙授权的人类。叶轻眉本来是被唤醒的天脉者，只不过她背叛了神庙，用自己的方式改变了世界，结果变成了需要诛杀的对象。
