同时，为了彰显驱除鞑虏、恢复中华的大义，又以北宋故都开封为陪都，称之为北京，但之后不久又废除了两京制，罢去了开封府的北京名号，并改称应天府为京师。洪武二年（1369年），作为太祖朱元璋故乡的林濠府（后改称凤阳府）被升为陪都，称之为中都。永乐十八年（1420年）九月，北京宫殿建成后，朱棣下令正式迁都北京。
到了明英宗朱祁镇在位时，明朝正式改称北京为京师，应天府则重新改称南京，并作为陪都。清朝：京师顺天府、陪都盛京明朝天启五年（1625年），努尔哈赤将都城从赫图阿拉迁至沈阳。明崇祯七年（1634年），清太宗皇太极改称沈阳为盛京，并于两年后正式改国名为“大清”。清军入关攻克北京后，顺治帝于顺治元年（1644年）下诏“定鼎燕京”，仍称京师顺天府，废明朝南京应天府，明朝的南直隶则改称江南行省。
同时，由于盛京仍然有清朝皇室的宫殿陵园，又是清朝的龙兴之地，因而继续保留其京城名号，并于顺治十四年（1657年）于盛京置奉天府，位同陪都。综上，在我国古代王朝，除了乱世王朝之外，凡是大一统王朝，多采用多京制。之所以如此做，主要是出于军事、经济、政治等因素的影响，同时也有古代通讯、交通较为落后，统治半径较小的因素。
为何历代帝王很少把国都定在南方？
究其人类的发展，最初都是依赖于地理环境与自然条件。在远古时期，随着地壳运动和气候的变化，远古人类在中国才逐渐繁衍。其后，又随着农业的出现，人类才过上了定居生活，人口数量才渐渐扩大，这才有了部落和城市。所以，文明的曙光出现在自然条件优越的地区。而黄河流域与长江流域正是这样的地方，所以，部落联盟的核心部落多聚集于此。
我国的第一个朝代——夏朝是颛顼部落的一个支裔。《世本·居篇》有“禹居阳城”之说，阳城在今豫西登封。后又有记载夏族的活动地点在晋南一带。至于商朝的重要国都亳城和殷（今河南安阳），东周的镐京、西周的洛阳也都是因为这些城市处于黄淮地区，自然条件优越，又是古代文明的发源地，故古代的帝王选择建都于此。同时期的南方地区，多山川河流，各部落间的交流受到阻隔，部落联盟的实力发展相对没有北方成熟。
再者，除长江流域之外的地区农业发展的条件恶劣，生产力低下，人口繁衍能力相对较弱，北方多称之为“蛮夷之地”，可见发展之落后。故其后的朝代除了分裂割据时代的地方政权，统一的王朝皇帝受文明起源和历史文化积淀多会选择发展更为成熟的北方。那么，随着南方的开发，为什么还是不见历史上的国都定在南方呢？我国历史上南方开发的契机是北人南迁。
西晋时的八王之乱使得北方地区破坏严重，大量人口南迁为南方带去了劳动力和先进的生产工具，南方开始得到发展。而从唐末开始南宋完成的经济重心的南移，使得南方的经济水平最终超过了北方。南朝时的四个朝代的都城和南宋的都城在南方多少是受经济因素的影响。但影响国都选择的因素中政治因素和军事因素占更为重要的地位。元朝统一后，选择北京作为首都，是因为北京的位置更有利于管理广大的疆土。
明朝本定都南京，又迁都北京，一是出于北京重要的军事位置、“天子守国门”的政治宣扬和对北方领土更好的守护，二是为了摆脱建文帝的政治影响，重建班底。清朝选择北京是受前代文化与政治影响，以及中和了本民族的利益和文化习俗的产物。综上，就经济方面，南方的实力超过北方，饭北方的城市也多是老牌城市，有一定的经济基础；就政治方面，北方的城市政治遗产较多，在早期多为都城；就军事方面，北方的城市多是抵抗外族侵略的重要军事关隘；就文化思想方面，古人受“天下居中”思想影响较深。
为什么古代皇帝把都城都建在北方？
第一，北方开发早，交通便利，经济发展的比较快。南方开发相对较晚，不宜建都（宋朝以后不论）。第二，北方是中原的所在地，中华文明发源于北方，国家的政治、文化、经济中心多集中于北方。第三，受历史传统的影响。夏商周，其国都皆在北方，秦以后，大多数也如此。第四，北方人口集中，建都于北方，便于就近征集兵员，戍卫京师。
