的确，从那个时期起，人心便已开始微妙地向燕王转移。耿炳文为了平叛，建文帝启用了老将耿炳文。建文帝为什么要用耿炳文？因为建文的姐姐嫁给了耿炳文的儿子。建文帝将平叛权交给耿炳文后，便接着跟方孝孺鼓捣复古改制了。对于建文帝来说，燕王造反也是好事，因为他也可以名正言顺地处理燕王了。双方在北平附近进行了一场主力会战。
耿炳文失败后，在黄子澄的推荐下，建文帝启用了李景隆接替耿炳文指挥。李景隆从山东德州挥师进攻北平，而此时大明辽东军开始破关南下，攻打永平府。永平是一个非常重要的地方，是北平的东门户，一旦永平被攻下，辽东兵就可以随时攻打北平。此时的形势对于燕王朱棣来说已是危如累卵，南边有李景隆的几十万大军，东边有已经破关的辽东军，燕王朱棣陷入夹击之中。
此刻正是燕王朱棣一生中至暗时刻，但他很快冷静了下来。他知道对付李景隆的大军最好的办法是拖，已经入关的辽东兵才是最大的威胁。燕王朱棣将一部分军队留下守城，自己带着精锐去驱赶辽东军。为了提高防守的效率，他撤除了北平城外的一切守军，集中力量防守北平，并把守城的任务交给了长子朱高炽，自己带着次子出发。燕王朱棣的这一防守策略十分正确。
李景隆燕王朱棣的心里也没有底，但他只能这么办。他寄希望于儿子朱高炽能够守住北平。历史总是惊人地相似，朱高炽守北平的局势跟当年朱文正守洪都的局势如出一辙。无论燕王朱棣如何的心乱如麻，此刻的他只有冷静下来稳扎稳打。朱棣迅速击退了南下的辽东兵，这时候北平的攻防战打得正激烈。当朱棣得知他的儿子对北平严防死守时，朱棣又做出一个大胆的决定：他带着军队往北奔袭至关外的大宁，收缴宁王朱权的军队。
那里有精锐的朵颜部蒙古骑兵。朱棣带着宁王的军队轻而易举地击溃了已经攻城三个星期的李景隆大军，此时的他已经有了完全可以对抗朝廷的本钱。盛庸李景隆兵败后退回了德州，双方歇息了近半年。建文二年（1400年）四月，李景隆率30万军队再次北上。护国军和朱棣的10万叛军在白沟河展开了最大规模的一场主力会战，李景隆再次败北，退到德州。
这次朱棣开始了穷追不舍，李景隆退到济南，朱棣又追到济南。在济南朱棣遇到了真正的对手—都指挥使盛庸和布政使铁铉。朱棣围城三个月，却无法破城。这是一种奇怪的现象。为什么奇怪？因为对于朱棣这个反叛者，明帝国竟然没有增派军队来围剿。这也就说明朱允炆能控制的资源其实就是济南城的守军。朱棣越打越胆寒，这时候他做出了一个愚蠢的举动，退回了北平。
朱允炆立即任命盛庸为平燕将军，总督平叛兵马。盛庸随即跟朱棣大战于东昌，朱棣再次战败。从建文元年（1399年）七月朱棣起兵以来，一直到建文三年（1401年）底，朱棣一直在北平附近晃悠，打不开局面。朱棣本来的策略是稳扎稳打，拿下山东后，再南下安徽攻取南京，可几年下来，朱棣明白如果继续这样搞下去，不仅济南打不下来，就是德州也拿不下来。
而一旦建文帝醒悟过来，征调各地人马围剿，自己将死无葬身之地。如今只有一个办法，那就是越过山东，直取南京。朱棣在赌，他赌的就是帝国的军队不插手这件事。朱棣在三年的战争中已经捕捉到了这一点，所以他才敢这样做。从建文四年（1402年）正月起，朱棣率领不足10万的人马开始从北平出发，绕过德州渡过黄河进入徐州。
驻扎在山东境内的中央军得知消息后，开始在后追赶。双方在安徽境内大战一场，中央军失利。接着，燕军攻破淮河上的盛庸防线，强渡淮河，进入南方，接着攻下扬州，抵达浦口。此时盛庸的水军正在长江上布置防线跟燕军对峙。很不妙的是盛庸手下的都督佥事陈瑄叛投燕王，保卫南京的最后一条防线不攻而破。此时南京城内有两种不同的声音，黄子澄和齐泰力主守城，李景隆和兵部尚书茹瑺力主谈判。
已经到了这个时候还怎么可能谈判呢？最终李景隆打开了城门，迎接燕王入城。李景隆为什么要打开城门？因为没有办法，此时各地的兵马已经不愿意拱卫南京，建文帝只能在南京附近招募义兵守卫南京。这些毫无作战经验的新兵如何能够守卫南京？就这样，朱棣进入南京承继大统。关于明朝的问题，大家可以看看阮景东作品《大明权力场》，台海出版社出版。
