秦琼和罗士信进攻营寨，亲自攀上寨门击杀守军，打开大门，袭击叛军军队老巢，两个人宫烧毁了三十多座营寨，叛军主力回师急救，被张须陀主力反身掩杀，十多万人大败，卢明月只带领几百人逃跑。此战奠定了秦琼的军事地位。后来又跟随张须陀消灭海曲孙宣雅的叛乱，秦琼是首先登城的将领，作战十分勇猛。秦琼与程咬金。在《隋唐演义》中，秦琼和程咬金是铁哥们，发小，姻亲。
其实他们两个在不同的地方，秦琼在济南，程咬金在东平，彼此应该是了解的。程咬金先投奔的瓦岗军，而秦琼跟随张须陀征讨瓦岗军，两个人是对手。张须陀把瓦岗军打的没脾气，不过轻敌的张须陀中了瓦岗军的埋伏力战而死。程咬金等追击秦琼，秦琼武艺高强，把程咬金等追兵击退，投奔了裴仁基，不过很快跟随裴仁基归顺了瓦岗军。从当时的情况来看，瓦岗军是诸多割据势力最强的一支，连李渊都派人表示敬意。
（程咬金形象图）这时的程咬金和秦琼才成为一个战壕的战友，同时成为李密8000内军的四个统领中的两个。后瓦岗军与宇文化及（杀隋炀帝后北归）的隋军主力交战，虽然战胜但是军事战斗力却大大下降了。瓦岗军经常击败王世充的部队，但是战斗力下降的瓦岗军却被王世充利用巫术鼓舞士气军队击败，秦琼和程咬金等被俘，跟随了王世充。
秦琼一直是主将，被任命为龙骧大将军，程咬金为其部下，在一次征讨中，两个人趁机投奔了秦王李世民。因为王世充笃信巫术，猜忌手下，在其手下不可能长久。秦琼与李世民。李世民知人善任，秦琼投奔后被引为知己，任命他为马军总管。他跟随李世民参加唐朝建国的主要战役，基本是每战必为先锋。（李世民像）1.征讨宋金刚。宋金刚为农民起义军首领，被窦建德击败后投奔刘武周。
619年他率军进攻山西，山西全境几乎被攻陷。李世民带领李世民征讨宋金刚，宋金刚手下的大将尉迟恭非常厉害，但是和秦琼交手两次都败北了，第二次是一个人逃跑的。因为缺少粮食宋金刚撤退，被唐军掩杀大败而回，尉迟恭被李世民收服。2.征讨王世充、窦建德。出于作战的需要，李世民建立了1000人的精锐部队，被称为“玄甲军”，秦琼、程咬金、尉迟恭、翟长孙四人统帅。
每战“玄甲军”都是先锋，敌人对玄甲军闻风丧胆。王世充抵挡不住唐军的进攻，龟缩洛阳不出，求救于窦建德，窦建德率军十几万援助。李世民让李元吉继续围困洛阳，自己率领军队主力迎击窦建德。621年5月，李世民麻痹敌军，秦琼、程咬金等率领精锐先锋击穿窦建德主力大军的军阵，直接来到了窦建德军队后方，展开唐军旗帜，窦建德军队认为已经失败，纷纷溃退，窦建德兵败被俘。
此战，秦琼率先领军突击，击破窦建德军队的阵营，被记为首功。被围困在洛阳的王世充眼见援军被击败，窦建德被杀，只好乖乖的投降了。3..征讨刘黑闼。窦建德虽然被杀，但是他的部下怕唐军的报复，拥立刘黑闼为主反唐，很快占据河北之地。李世民率军平叛，622年，李世民和秦琼击败刘黑闼主力，收复河北。4.参与玄武门之变。
626年，秦琼跟随李世民发动玄武门之变。秦琼被封为左武卫大将军，食邑700户，不过这个职位很快被程咬金所取代，因为秦琼病了，不能胜任此项工作，他自己这样说：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”征战的次数达到200多次，几乎每战都是先锋，身体已经不行了。秦琼、尉迟恭和门神。
秦琼在征讨宋金刚时，次次击败尉迟恭，打的尉迟恭心服口服。尉迟恭归顺后，两个人反而成了至交好友，在作战中一直是同事。（尉迟恭像）秦琼作战勇猛，身体不行，死的比较早。尉迟恭对他非常尊敬，把自己的孙女嫁给了秦琼的儿子秦怀道，结成了秦晋之好。关于二人成为门神的传说有两个：第一，小说中记载魏征斩杀了泾河龙王，龙王的鬼魂经常搞得李世民睡不好觉，经常做噩梦。
秦琼和尉迟恭自愿守卫李世民的寝宫，李世民睡得安稳了，也不能让两位大将整天值夜班啊，长孙皇后想了一个注意，把他们二人的画像贴到门上，解决了这一问题。第二个原因就是李世民杀死了自己的兄弟李建成和李元吉，经常做噩梦，后续传说和上面是一样的。民间对此纷纷效仿，将二人的画像，贴到大门上辟邪，成为了门神。秦琼被李世民列入凌烟阁24功臣，排名在最后，主要是因为秦琼伤病，后期没有作战功劳，因此排名靠后了。
