经过了大议礼的洗礼之后，明朝开始出现了官员阿谀奉承和极力讨好皇帝的风气，这是皇权得到加强的典型特征。后来朱厚熜任命的内阁成员，无不以他的意志为转移，没有人敢跟他唱反调，最典型的一个人就是严嵩。朱厚熜用人的原则就是，贤与不贤倒是其次，听他的话才是最重要的。当然了，朱厚熜觉得这一切还不保险，还是得从体制上进行改革，从而进一步加强皇权。
朱厚熜首先对太监下手，取消了存在很长时间的镇守太监，将权利分散到司礼监各个太监手上，让他们相互掣肘，这样他就对太监集团和特务机关的控制就进一步加强了，他的命令可以得到更有效的执行。朱厚熜还将锦衣卫最大程度地独立于司法系统之外，将锦衣卫完全变成皇帝的私人武装部队，拥有极高的司法独立权和执行权，只听皇帝一个人的话，连内阁都不能过问，这样就对文官起到了威慑作用。
事实上，可能是因为出身问题，所以朱厚熜是一个极为敏感的人，而且安全感不足。为了加强自己的权利，使自己处在不败之地，他对一切人都保持怀疑，唯一能让他信任的东西，就只有道教。朱厚熜认为，只有自己成为神了，臣子才会怕他，所以他十分喜欢用道教神化自己，还强迫大臣们信奉道教，从而更好地侍奉他。也许是受了道教文化的影响，朱厚熜的性格开始变得捉摸不透，有啥话不喜欢明着说，而是喜欢让臣子们去猜。
因为朱厚熜喜欢让在自己保持神秘，也加深了臣子们对他的畏惧心理，而严嵩和严世蕃之所以能获得他的信任，其实还在于这父子二人特别善于猜测他的心思，做的事情能够让他满意。自1542年壬寅宫变发生之后，朱厚熜的疑心病就变得更重了，他也不愿意继续在皇宫中居住了，而是搬到西苑的万寿宫居住，开始了他二十多年不上朝的历史。
皇帝不上朝，这在历史上是一件很危险的事情，因为皇帝很容易被臣子架空，那么朱厚熜是如何做到把控皇权的呢？朱厚熜虽然不上朝，但他不可不是啥事不管，无论是京城还是地方官员的一举一动，他都一清二楚，因为他派遣了大量锦衣卫监视着群臣。把控皇权的第一步就是做到，虽身在禁中，但天下大事都在在眼中，朱厚熜在这一点上做得非常不错。
把控皇权的第二步是把控内阁。就在壬寅宫变这一年，63岁的严嵩进入了内阁。严嵩是一个阿谀奉承之人，他将朱厚熜视若神明。更难能可贵的是，严嵩为了取悦朱厚熜，可以不惜财力，人力和物力，以此来满足朱厚熜的任何要求。如此听话又得力的人，朱厚熜怎能不喜欢呢，所以他很快让严嵩取代夏言成为内阁首辅。所以只要有严嵩在，朱厚熜就可以做到，即使自己不上朝，皇权依然稳固，国家大事也不会耽误。
所以朱厚熜后来虽然知道严嵩和严世蕃贪污受贿，在外为非作歹，但依然睁一只眼闭一只眼，其实他是有自己深层考虑的。就像《大明王朝1566》中朱厚熜说的一句话，大意是，严嵩办事得力，只要他不太过分，都是可以容忍的。当然，朱厚熜不可能完全信任严嵩。严嵩逐渐把持朝政之后，朱厚熜也会找一些人来限制他，就比如说反严派人物徐阶和张居正等人，朱厚熜将他们调入内阁，让他们跟严嵩和严世蕃相互撕逼，朱厚熜则稳坐钓鱼台，将两派人物玩弄于股掌之间。
为了限制内阁的权利，朱厚熜还允许司礼监参与朝政，与内阁形成相互制衡之势。实际上朱厚熜用的几个太监，比如黄锦和孙彬等人，都是能够自我约束之人。而且朱厚熜还制定了对太监进行严格管理的制度，不让他们有监督大臣的权利，所以太监实际上就成为了朱厚熜的影子，他们不敢有别的什么心思，只能老老实实代替朱厚熜办事情。除此之外，朱厚熜还让内阁成员有密奏专权，这个政策看似分散皇权，实际上是让内阁成员之间相互提防，这样就让朱厚熜对内阁成员的掌控力加强了，也使得皇权进一步稳固了。
就单说这一条，也不得不说朱厚熜的帝王之术确实厉害，谁都是人精，但朱厚熜是人精中的人精。把控皇权的第三步是限制外戚势力。朱厚熜对皇亲国戚也不太信任，所以他制定了一些列政策限制外戚势力。就比如说外戚不再享有世封的福利，也就是说其子孙无法享受继承爵位的权利了。到了后来，朱厚熜干脆连皇后和驸马寻求为家人册封的权利都取消了，外戚衰落地一塌糊涂，半段尊严都没有了。
把控皇权的第四步是掌控财权，但朱厚熜只是通过一些手段肥了自己和官员，反而是苦了百信。就比如说，严世蕃为什么这么得宠，是因为他就是帮助朱厚熜捞钱的人。朱厚熜有钱了，做起事情来就阔气了，皇权自然就得到加强了。《大明王朝1566》中一开场就是内阁和司礼监在总结过去一年的盈亏和制定新一年的财政预算，还有一集中讲到朱厚熜在下令宦官核算账目。
真实历史上可能没那么夸张，但朱厚熜重视财政这件事是毋庸置疑的。有人甚至说，嘉靖时期的户部尚书其实就是朱厚熜自己，历任内阁首辅，大多都是从户部尚书这个职务提上去的，这也可以反映出朱厚是很熜重视财政的。钱对于普通人来说，钱是提升身份的重要途径；对于皇帝来说也是一样，没有钱，皇权也就受到极大限制了，崇祯皇帝就是个很好的例子。
所以朱厚熜重视财权，其实也是为了提升自己的皇权。所以，在朱厚熜不上朝的二十多年间，他可以做到不经常接见大臣，就将国家牢牢掌握在手里。所谓帝王之术，加强皇权是很重要的一环，但朱厚熜的做法显然过头了，因为他的一系列做法给国家带去很大的麻烦。在最糟糕的时候，由于朱厚熜十分迷信二龙不相见这个说法，所以他担心朱载坖也像前几个儿子一样死掉，便很少见朱载坖，最长的时间有两年父子不得相见。
朱厚熜还毕生不立太子，他是害怕自己的权利被太子给分散了，所以后来朱载坖是以藩王的身份继承大统的，这在明朝历史上也是很罕见的。朱厚熜二十多年不上朝，他的皇权是加强了，但是国家的政治却更加黑暗了，大臣们不敢对他说真话，专挑他爱听的说，这已经成为了当时的惯例。所以朱厚熜虽然掌握着至高无上的权利，但实际上国家的发展却越来越糟糕，开始变得内忧外患，明朝也一步步走向衰败。
所以说，朱厚熜是聪明，也有高超的帝王之术，但他走的不是正道。真正的帝王之术不是一昧加强皇权，而是在加强皇权的同时，使国家朝着好的方面发展。就比如说《韩非子》中就对帝王之术提出了三个方面的含义：第一，对人民，怎样使人民丰衣足食，幸福安康；第二，对官员，怎么让官员更有效地为国家服务；第三，对皇帝，怎样让皇权得以稳固，皇帝的德行怎样提升，各方政治势力怎样得到平衡。
